До 1937 года Увал, Бошебрагино и Заполой.

Вид с пятибастионного городищана реку Аверичеву.
Фото Косова В.Н.

В 1692 году получил казак Брагин  из казны за преданную службу царю  и отечеству в пожизненное владение «две рыбные тони на Оби» и поставил здесь свою заимку. Так во времена Петра 1 было положено начало деревне  Большое Брагино. В двух километрах от  этого селения на горе поселился еще один Брагин, основав деревню Увал. С 1937 года она получает новое название — Малое Брагино.

Когда в эти места прибыли ходоки с европейской части России, то решили не тесниться и выбрали себе место в километре ниже по течению от Большого Брагино. Там они отстроили себе 14 домов — красавцев в один ряд окнами на Обь.

В советские годы во время коллективизации в деревне  Большое Брагино, где стояло около 60 дворов, образовался колхоз « 1 год 2-й пятилетки», а в Малобрагино — «Большевик». Незадолго до войны старинное село с 250-летней историей — Большое Брагино — погибло. Восьмидесятилетняя жительница Малобрагино Н.П.Рак вспоминает об этом так:» Перед войной весной 1941 года во время ледохода на Оби началось сильное наводнение и затопило все Большое Брагино. Длинная льдина, высотой около 2 метров и длиной километра 2 проплывала мимо и снесла постройки в селе. Несчастные люди остались без жилищ, скотины, запасов продовольствия. За год все переехали в Увал (Малобрагино)». В 1953 году все колхозы Малобрагинского сельсовета объединились в одно хозяйство с центральной усадьбой в Малобрагине и назвали его именм Булганина. В 1957 году по решению райисполкома его переименовали в «Красное знамя». малобрагинцы разводили крупный рогатый скот, овец, построили свинокомплекс.  В 1964 году на основании решения райисполкома были объединены колхозы «Новая жизнь» Каргалинского сельсовета, «Гигант»  Трубачевского сельсовета, Красное знамя» Малобрагинского сельсовета в  укрупненную сельхозартель «Гигант»  с центром в Каргале  2 января 1973 года Малобрагино и

Вид с реки Аверичево.
Фото Косова В.Н.

Трубачево выделились в самостоятельный колхоз имени ХХ1V съезда КПСС. В 70-80-е годы шло бурное строительство. Появились новые улицы Кедровая (Молодежная), и Чувашская (Школьная). В те годы в село приехало более 20 семей из Чувашии. Был построен агрогородок из 16 домов 25-й серии. Пора материального благополучия была недолгой. Летом 1992 года на базе колхоза было зарегистрировано ТОО «Луговое», в настоящее время ТОО «Заозерное». В конце 90-х в селе успели построить еще 5 домов.

Малобрагино расположено на берегу реки Аверичево. В двух километрах от села протекает Обь. Летом сюда приезжают дачники, гости Томска порыбачить, отдохнуть. По берегам Оби располагаются заливные луга. В лесу много ягод черной и красной смородины, ежевики, калины, шиповника.

 На 1 января 2010 года  в Малобрагине проживают 367 человек.  Трудятся жители села, в основном, на личном подворье. Индивидуальный предприниматель Кривошеин В.В. разводит овец, коз, лошадей, обеспечивает работой жителей села.

Историческая справка из книги «Судьба земли Шегарской». Авторы: Л.Т.Вдовина, В.Н.Косов.

 Паспорт населенного пункта село Малобрагино Шегарского муниципального района Томской области